Rạn san hô nơi đảo Trường Sa Đông tọa lạc là một rạn đá cạn nước khi thủy triều xuống thấp nhất. Ở phần phía tây của rạn san hô còn có một dải cát nhỏ.[2]

Bề mặt rạn san hô không bằng phẳng, nên độ nông sâu thất thường dễ gây nguy hiểm cho tàu ra vào.

Đảo Trường Sa Đông nằm theo trục Đông Bắc - Tây Nam ở phía đông bắc rạn san hô, có chiều dài khoảng 250 m, chiều rộng khoảng 120 m.

Diện tích đất tự nhiên của đảo là khoảng 0,88 ha. Theo Trung tâm Nghiên cứu Quốc tế và Chiến Lược (CSIS - Hoa Kỳ) thì Việt Nam từ năm 2012 đến 2013 đã bồi đắp thêm cho đảo này khoảng 1,67 ha[3]. Như vậy tổng diện tích đất nổi của đảo là 2,55 ha (0.025 km2).

Trường Sa Đông là đảo có lớp mùn san hô mỏng, nên chất đất cằn cỗi, gây khó khăn cho các loài cây trồng phát triển. Tuy vậy, ngoài các loại thực vật chịu mặn như bàng vuông, tra, muống biển thì trên đảo đã trồng được nhiều loại cây che bóng mát khác như bàng đất liền và cả cây ăn trái như dừa, sa kê. Trên đảo trồng được nhiều loại rau xanh trong các ô đất cải tạo như bầu bí,rau muống, rau lang, rau cải, mồng tơi... Ngoài ra lính trên đảo nuôi lợn và các loài gia cầm như gà, ngan, vịt...[4]

Khu vực biển quanh đảo này khá phong phú về số lượng và chủng loại hải sản như: cá ngừ, hải sâm, rùa biển và nhiều loại ốc có giá trị dinh dưỡng cao khác.[5]

Trên đảo ngoài các công trình quân sự còn có trạm xá quân y, hệ thống điện gió, 1 cầu tàu và một sân đỗ trực thăng.